Météo Rwanda dispose de trois divisions techniques et deux unités administratives avec la main-d'œuvre totale de 101 personnes.
Les trois divisions techniques sont les suivantes:

  1. Division des Services météorologique et  d’application  climatique ;
  2. Division d'observation, contrôle de la qualité et de la  procession des données  météorologique ;
  3. Division de l’information et de la technologie.

Les Chefs des Divisions préparent les rapports au Directeur Général, qui à son tour les transmet au  Ministre des Ressources Naturelles.

Météo Rwanda dispose également d'un Conseil d'Administration qui assiste  l'Institution dans la bonne gouvernance et la prise des décisions.